Dalla cappella delle confessioni una scalinata porta alla cantoria. Il grande organo a canne che vi è collocato dal 1991 è opera dei celebri organari Mascioni di Cuvio (Varese). Appartiene alla generazione degli strumenti a trasmissione meccanica e viene utilizzato per la liturgia e per i concerti.
Le vetrate istoriate dei dodici Apostoli sulla Cantoria della chiesa